En tiempos de Francisco de Mendoza se fundó el Seminario Conciliar de Burgos. Durante su pontificado concluyó el Concilio de Trento que promovió la creación de seminarios, llamados por eso conciliares. Antes de que se conocieran publicadas las disposiciones de dicho Concilio, en marzo de 1564, el cardenal Mendoza había encargado ya al Cabildo de la Catedral el nombramiento de la comisión que intervendría en la fundación del nuevo centro de estudios.
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